用于核酸组装和高通量测序的方法
阅读说明:本技术 用于核酸组装和高通量测序的方法 (Methods for nucleic acid assembly and high throughput sequencing ) 是由 M·E·赫德森 L·A·昆 D·辛德勒 S·阿彻 I·萨奥尔默 于 2013-06-24 设计创作,主要内容包括:本发明的一些方面的方法和设备涉及高保真多核苷酸的合成。具体而言,本发明的各方面涉及同时进行酶促去除扩增序列和将经加工的寡核苷酸连接成核酸组装体。根据一些实施方式,该方法包括提供多个寡核苷酸的步骤,其中各寡核苷酸包含(i)与目标核酸序列的不同部分相同的内部序列,(ii)该内部序列5’端之侧的5’序列和在该内部序列3’端之侧的3’侧接序列,各所述侧接序列包含引物对的引物识别位点和限制性酶识别位点。(Methods and apparatus of some aspects of the invention relate to high fidelity polynucleotide synthesis. In particular, aspects of the invention relate to the simultaneous enzymatic removal of amplified sequences and ligation of processed oligonucleotides into nucleic acid assemblies. According to some embodiments, the method comprises the step of providing a plurality of oligonucleotides, wherein each oligonucleotide comprises (i) an internal sequence identical to a different portion of the target nucleic acid sequence, (ii) a 5 'sequence flanking the 5' end of the internal sequence and a 3 'flanking sequence flanking the 3' end of the internal sequence, each of said flanking sequences comprising a primer recognition site and a restriction enzyme recognition site of a primer pair.)
具体实施方式
,但以上说明书仅为说明性而非限制性的。本领域的技术人员在阅读本说明书后将清楚了解本发明的许多变化。本发明的全部范围应该通过参考所附权利要求书连同其等同物的全部范围,以及说明书连同此类变化来确定。
通过引用纳入
参考2013年4月24日提交的美国申请13/986,368、2012年6月15日提交的美国申请13/524,164和PCT公开PCT/US2009/055267。本文提到的所有发表物、专利、专利申请和序列数据库条目在此通过引用全文纳入,就好像各个单独发表物或专利特定和单独地表明通过引用纳入。
序列表
<110> GEN9股份有限公司(Gen9, Inc.)
M·E·赫德森(Hudson, Michael E.)
L-Y·A·昆(Kung, Li-yun A.)
D·辛德勒(Schindler, Daniel)
S·阿彻(Archer, Stephen)
I·萨奥尔默(Saaem, Ishtiaq)
<120> 用于核酸组装和高通量测序的方法
<130> 127662-013402
<140> 未编号
<141> 2013-06-24
<150> 61/664,118
<151> 2012-06-25
<150> 61/731,627
<151> 2012-11-30
<160> 1
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 2608
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成的构建体
<400> 1
tcgcgcgttt cggtgatgac ggtgaaaacc tctgacacat gcagctcccg gagacggtca 60
cagcttgtct gtaagcggat gccgggagca gacaagcccg tcagggcgcg tcagcgggtg 120
ttggcgggtg tcggggctgg cttaactatg cggcatcaga gcagattgta ctgagagtgc 180
accatatgcg gtgtgaaata ccgcacagat gcgtaaggag aaaataccgc atcaggcgcc 240
attcgccatt caggctgcgc aactgttggg aagggcgatc ggtgcgggcc tcttcgctat 300
tacgccagct ggcgaaaggg ggatgtgctg caaggcgatt aagttgggta acgccagggt 360
tttcccagtc acgacgttgt aaaacgacgg ccagtgaatt agtgttgaga ccattcagct 420
ccggtctcga cactgagctt ggcgtaatca tggtcatagc tgtttcctgt gtgaaattgt 480
tatccgctca caattccaca caacatacga gccggaagca taaagtgtaa agcctggggt 540
gcctaatgag tgagctaact cacattaatt gcgttgcgct cactgcccgc tttccagtcg 600
ggaaacctgt cgtgccagct gcattaatga atcggccaac gcgcggggag aggcggtttg 660
cgtattgggc gctcttccgc ttcctcgctc actgactcgc tgcgctcggt cgttcggctg 720
cggcgagcgg tatcagctca ctcaaaggcg gtaatacggt tatccacaga atcaggggat 780
aacgcaggaa agaacatgtg agcaaaaggc cagcaaaagg ccaggaaccg taaaaaggcc 840
gcgttgctgg cgtttttcca taggctccgc ccccctgacg agcatcacaa aaatcgacgc 900
tcaagtcaga ggtggcgaaa cccgacagga ctataaagat accaggcgtt tccccctgga 960
agctccctcg tgcgctctcc tgttccgacc ctgccgctta ccggatacct gtccgccttt 1020
ctcccttcgg gaagcgtggc gctttctcat agctcacgct gtaggtatct cagttcggtg 1080
taggtcgttc gctccaagct gggctgtgtg cacgaacccc ccgttcagcc cgaccgctgc 1140
gccttatccg gtaactatcg tcttgagtcc aacccggtaa gacacgactt atcgccactg 1200
gcagcagcca ctggtaacag gattagcaga gcgaggtatg taggcggtgc tacagagttc 1260
ttgaagtggt ggcctaacta cggctacact agaagaacag tatttggtat ctgcgctctg 1320
ctgaagccag ttaccttcgg aaaaagagtt ggtagctctt gatccggcaa acaaaccacc 1380
gctggtagcg gtggtttttt tgtttgcaag cagcagatta cgcgcagaaa aaaaggatct 1440
caagaagatc ctttgatctt ttctacgggg tctgacgctc agtggaacga aaactcacgt 1500
taagggattt tggtcatgag attatcaaaa aggatcttca cctagatcct tttaaattaa 1560
aaatgaagtt ttaaatcaat ctaaagtata tatgagtaaa cttggtctga cagtcagaag 1620
aactcgtcaa gaaggcgata gaaggcgatg cgctgcgaat cgggagcggc gataccgtaa 1680
agcacgagga agcggtcagc ccattcgccg ccaagctctt cagcaatatc acgggtagcc 1740
aacgctatgt cctgatagcg gtccgccaca cccagccggc cacagtcgat gaatccagaa 1800
aagcggccat tttccaccat gatattcggc aagcaggcat cgccatgggt cacgacgaga 1860
tcctcgccgt cgggcatgct cgccttgagc ctggcgaaca gttcggctgg cgcgagcccc 1920
tgatgctctt cgtccagatc atcctgatcg acaagaccgg cttccatccg agtacgtgct 1980
cgctcgatgc gatgtttcgc ttggtggtcg aatgggcagg tagccggatc aagcgtatgc 2040
agccgccgca ttgcatcagc catgatggat actttctcgg caggagcaag gtgagatgac 2100
aggagatcct gccccggcac ttcgcccaat agcagccagt cccttcccgc ttcagtgaca 2160
acgtcgagca cagctgcgca aggaacgccc gtcgtggcca gccacgatag ccgcgctgcc 2220
tcgtcttgca gttcattcag ggcaccggac aggtcggtct tgacaaaaag aaccgggcgc 2280
ccctgcgctg acagccggaa cacggcggca tcagagcagc cgattgtctg ttgtgcccag 2340
tcatagccga atagcctctc cacccaagcg gccggagaac ctgcgtgcaa tccatcttgt 2400
tcaatcatac tcttcctttt tcaatattat tgaagcattt atcagggtta ttgtctcatg 2460
agcggataca tatttgaatg tatttagaaa aataaacaaa taggggttcc gcgcacattt 2520
ccccgaaaag tgccacctga cgtctaagaa accattatta tcatgacatt aacctataaa 2580
aataggcgta tcacgaggcc ctttcgtc 2608