本发明公开了一种车辆磁钉循迹运行的轨迹偏离防护方法,构建磁钉为主、融合导航的车辆自动驾驶系统:所述车辆自动驾驶系统包括车辆、磁钉轨道和沿磁钉轨道设置的车道线,所述车辆上装载有控制器以及与其相连的车载传感器和执行机构;所述车载传感器包括车速传感器、惯性导航模块、前磁传感器和后磁传感器,所述执行机构包括动力系统、制动系统和转向系统;基于磁钉导航的车辆自动驾驶系统,通过实时监控车辆运行轨迹和姿态,实现对车辆运行轨迹的约束。本发明的车辆磁钉循迹运行的轨迹偏离防护方法,实时监视车辆在轨姿态,在有偏离轨道风险的情况下,通过告警、降速等方式有效保证车辆的安全运行,可以降低车辆沿磁钉循迹发生脱轨的危害性。