快速检测次氯酸及髓过氧化物酶的等温核酸扩增传感器

文档序号:1916852 发布日期:2021-12-03 浏览:15次 >En<

阅读说明:本技术 快速检测次氯酸及髓过氧化物酶的等温核酸扩增传感器 (Isothermal nucleic acid amplification sensor for rapidly detecting hypochlorous acid and myeloperoxidase ) 是由 孔德明 汪晶 马嘉懿 王东霞 刘博� 井潇 陈郸烨 于 2021-09-27 设计创作,主要内容包括:本发明提供了快速检测次氯酸及髓过氧化物酶的等温核酸扩增传感器,所述的核酸纳米传感器包含三个部分:a,探针1(P1),分别由若干种DNA单链(S1,S2…Sn和H1)构成三维刚性纳米结构;b,探针2(P2),分别由若干种DNA单链(S1,S2…Sn和H2)构成三维刚性纳米结构,其中H1和H2构成扩增反应如杂交链式反应(HCR)的两个单元;c,探针3(Lock-In),硫代磷酸修饰的核酸构成锁链(Lock),能够引发杂交链式反应的引发链(In),其中In最初被Lock锁上,无法引发HCR,当有目标物髓过氧化物酶(MPO)时,催化H-(2)O-(2)和氯离子(Cl~(-))产生次氯酸(HOCl),硫代磷酸链断裂,随后释放In,引发H1和H2发生扩增反应。本发明的核酸纳米探针既可以检测次氯酸也可以检测髓过氧化物酶。(The invention provides an isothermal nucleic acid amplification sensor for rapidly detecting hypochlorous acid and myeloperoxidase, which comprises three parts: a, probe 1(P1) which is respectively composed of a plurality of DNA single strands (S1, S2 … Sn and H1) to form a three-dimensional rigid nano structure; b, probe 2(P2), which respectively consists of a plurality of DNA single strands (S1, S2 … Sn and H2) to form a three-dimensional rigid nanostructure, wherein H1 and H2 form two units of an amplification reaction such as a Hybrid Chain Reaction (HCR); c, probe 3(Lock-In), a phosphorothioate-modified nucleic acid constituting a chain (Lock), a primer chain (In) capable of initiating a hybridization chain reaction, wherein In is initially locked by Lock and fails to initiate HCR, and catalyzes a target Myeloperoxidase (MPO) when presentH 2 O 2 And chloride ion (Cl) ‑ ) Hypochlorous acid (HOCl) is generated, the phosphorothioate chain is cleaved, and In is subsequently released, which triggers the amplification reaction of H1 and H2. The nucleic acid nanoprobe can detect hypochlorous acid and myeloperoxidase.)

快速检测次氯酸及髓过氧化物酶的等温核酸扩增传感器

技术领域

本发明涉及纳米材料合成及分子检测技术领域,尤其涉及DNA纳米结构介导的快速检测次氯酸及髓过氧化物酶的等温核酸扩增传感器。

背景技术

疾病的病理特征通常伴随着某些生物标志物的上调,如离子、核酸、小分子和蛋白质。具有高灵敏度、可兼容性强的检测工具对于疾病的精确诊断具有重要意义。然而,探针的灵敏度、准确性和生物安全性仍然是一个挑战,这促使研究人员探索更适用的材料和平台来解决这些问题。髓过氧化物酶(myeloperoxidase,MPO)作为一种血红素蛋白酶,主要来源于多形核中性粒细胞,在单核细胞、巨噬细胞中亦存在。当机体受到炎症刺激吞噬激活后,大量活性MPO分泌到吞噬体中,催化H2O2和氯离子(Cl-)产生高杀菌能力次氯酸(HOCl)。除了HOCl之外,MPO还催化其他活性分子的形成,如醛(aldehydes)、酪氨酸自由基(tyrosylradicals),羟基自由基(·OH),并氧化一氧化氮(NO)生成亚硝酸盐。因此,MPO与严重感染及各种炎症性疾病相关,如心血管疾病、肾小球损伤、类风湿性关节炎、动脉粥样硬化、肺纤维化、阿尔茨海默病、帕金森病和某些癌症。MPO的测定在辅助诊断相关疾病中起着至关重要的作用。Goldmann等研究发现,在急性心肌梗死患者胸痛症状发作后2小时内MPO就已明显升高,并可以被实验室检测到,而被临床广泛应用于判断心肌细胞受损的cTNT需要在心梗发生后3-6小时才升高。因此,MPO及其介导的酶促反应体系的研究受到了广泛的关注,特别是在生物和医学领域。

MPO活性评价有多种方法,如比色法、放射分析法、电化学法、化学发光法、酶联免疫吸附法、荧光成像、磁共振成像和CT成像等。尽管这些分析方法具有良好的特异性,但它们都或多或少存在检测时间过长、灵敏度有限、复杂的制备过程或者需要大型仪器等问题。MPO介导生成的HOCl则被认为是氧化应激相关损伤的相关生物标志物,其定性和定量对疾病进展的研究具有重要意义。目前,已经建立了多种检测HOCl的分析方法。其中,荧光探针已被证明具有许多优点,如灵敏度高、反应时间快、操作简单等。然而,使用荧光探针检测HOCl有一些局限性:(1)探针对活性氧物种,如超氧阴离子自由基、羟基自由基和过氧化氢的超高灵敏度,增加了在空气中被氧化的风险,不利于长期储存;(2)探针难以定量测量HOCl的实际浓度,因为它是基于强度的荧光输出,会因为漂白、焦点变化、激光强度变化和探针浓度等原因造成伪影;(3)大多数荧光探针需要复杂的多步骤合成,并有一些明显的缺点,如产量低、易受探针浓度的干扰、背景荧光和难以克服的毒性;(4)缺乏在HOCl存在下稳定的近红外(NIR)荧光探针,因此近红外荧光探针非常罕见。

引入纳米技术可以克服传统探针的许多局限性,大大改善生物传感器的灵敏度和其他性能,促进新型生物传感器的发展,对癌症和心血管疾病的早期诊断具有重要意义。作为一类新兴的纳米材料构件,核酸具有可编程性、兼容性和良好的生物相容性等优点。通过引入化学修饰,可以合成一系列具有非天然骨架或核酸碱基的分子。他们在探针设计方面取得了显著的成果。此外,核酸框架材料(如DNA四面体、DNA八面体、DNA二十面体、DNA立方体等)也被广泛用于设计探针支架,提高了探针的传感性能,拓宽了应用范围,促进了DNA探针在临床的可行性。在这项工作中,我们开发了一种基于氧化裂解的三维DNA生物传感器,以“一锅法”的方式快速、定量地检测HOCl和MPO。

发明内容

有鉴于此,本发明旨在提出快速检测次氯酸及髓过氧化物酶的等温核酸扩增传感器,以克服现有技术的缺陷,采用DNA框架结构骨架介导的无酶催化反应,并结合电泳及荧光技术对次氯酸和髓过氧化物酶进行分析和定量检测。

为达到上述目的,本发明的技术方案是这样实现的:

一种等温核酸扩增传感器,包含三种探针,分别是探针P1、探针P2和探针Lock-In:

探针P1是由DNA框架结构与DNA发夹1通过碱基互补配对构成的三维结构探针,DNA发夹1修饰有荧光基团或荧光供体基团;

探针P2是由DNA框架结构与DNA发夹2通过碱基互补配对构成的三维结构探针,DNA发夹2修饰有荧光猝灭基团或荧光受体基团;

探针Lock-In是由两条DNA单链通过碱基互补配对构成或一条DNA发夹单链构成,两条DNA单链分别是锁链(Lock)和引发链(In),其中Lock和DNA发夹单链包含硫代磷酸修饰的位点,In及DNA发夹单链能引发探针P1中的DNA发夹1和探针P2中的DNA发夹2发生DNA扩增反应。

本发明提供的核酸纳米传感器包含三个部分:a,探针1(P1),分别由若干种DNA单链(S1,S2…Sn和H1)构成三维刚性纳米结构;b,探针2(P2),分别由若干种DNA单链(S1,S2…Sn和H2)构成三维刚性纳米结构,其中H1和H2构成扩增反应如杂交链式反应(HCR)的两个单元;c,探针3(Lock-In),硫代磷酸修饰的核酸构成锁链(Lock)或DNA发夹单链,能够引发杂交链式反应等扩增反应的引发链(In),其中In最初被Lock锁上,无法引发HCR,当有目标物髓过氧化物酶(MPO)时,催化H2O2和氯离子(Cl-)产生次氯酸(HOCl),硫代磷酸链断裂,随后释放In,引发H1和H2发生扩增反应。本发明的核酸纳米探针既可以检测次氯酸也可以检测髓过氧化物酶。

优选地,硫代磷酸修饰的位点位于DNA发夹单链的中间或靠近中间的位置。

探针P1中的DNA发夹1和探针P2中的DNA发夹2上也可以修饰二茂铁(Ferrocene)、亚甲基蓝(Methylene Blue)、钌(Ru)中的一种或两种以上,这些基团会产生电化学信号,实现检测的目的。

优选地,探针P1和探针P2的基本结构为三维纳米结构,三维纳米结构选自Y型结构、DNA四面体、DNA六面体、DNA八面体、DNA十二面体、DNA十六面体或DNA二十面体;优选地,探针P1和探针P2的三维纳米结构每条边的碱基数不少于18bp。

三维结构多方向性,增加反应碰撞几率,大大提高了反应速度,除此之外,三维纳米结构也会增加DNA发夹在复杂环境中的稳定性,不会被生物基质的酶降解。如果利用其他三维结构也能有类似的效果。当然,也可以采用一维或二维结构,只是效果相对三维结构较差。

优选地,探针P1和探针P2的三维纳米结构为DNA四面体;优选地,构成四面体结构的4条主链DNA单链的碱基数为79bp,序列分别如SEQIDNO.1、SEQIDNO.2、SEQIDNO.3和SEQIDNO.4所示。

DNA四面体通常由四条单链分别构成每个面,当每条边为18bp时,DNA四面体较为稳定,即四条单链长度为54bp所构建的DNA四面体最为常见。又因为DNA四面体的S1-S4需要与DNA发夹1和2进行互补,通常在37℃下,两条链需要互补18个碱基左右才能稳定,因此构成四面体的S1-S4长度至少在72bp以上,考虑到发夹要避免与四面体主链发生非特异性反应,优选地,我们选择79bp。

优选地,探针P1的DNA发夹1和探针P2的DNA发夹2各自的碱基数不少于43bp;优选地,探针P1上的DNA发夹1和探针P2上的DNA发夹2的碱基数为67bp,序列分别如SEQIDNO.7和SEQIDNO.8所示。

常规的杂交链式反应设定的温度一般在37℃下,既需要在无引发链时两种发夹处于沉默状态,又需要在引发链存在情况下迅速打开发夹发生反应,经研究,DNA发夹有效反应长度为43bp较好,又因为DNA发夹1和2要与四面体四条主链发生杂交反应长度不低于18bp,因此DNA发夹1和2碱基数不少于61bp。考虑到发夹要避免与四面体主链发生非特异性反应,优选地,探针P1上的DNA发夹1和探针P2上的DNA发夹2的碱基数为67bp。

优选地,In与探针P1中的DNA发夹1互补碱基数不少于22个,In与探针P2中的DNA发夹2互补碱基数不少于22个,探针P1中的DNA发夹1与探针P2中的DNA发夹2互补碱基数不少于21个。

根据上一条,DNA发夹有效反应长度为43bp较好,此时,引发链的序列长度在22bp时,能较快地打开发夹发生反应。

优选地,In的碱基数不少于22bp;Lock的碱基数不少于18bp,其中硫代磷酸修饰位点不少于1个;当Lock-In以2条DNA单链通过碱基互补配对形式出现时,Lock与In互补碱基数不少于18bp;当Lock-In以DNA发夹单链形式出现时,则互补碱基数不少于18个;优选地,Lock和In的序列分别如SEQIDNO.5和SEQIDNO.6所示。

根据上一条,引发链的序列长度在22bp时,Lock要想与引发链In在37℃进行互补,互补的碱基数目应不少于18bp,才能完全锁住引发链。

优选地,DNA发夹1上的荧光基团与DNA发夹2的淬灭基团在碱基互补后相邻,和/或DNA发夹1上的荧光供体基团与DNA发夹2的荧光受体基团在碱基互补后相邻;荧光基团选自JOE、HEX、VIC、ROX、CY3或CY5,淬灭基团选自BHQ1、BHQ2或BHQ3;荧光供体基团选自FAM或CY3,荧光受体基团选自TAMRA或CY5;优选地,所述荧光基团为FAM,所述淬灭基团为BHQ1;优选地,所述荧光供体基团为CY3,所述淬灭基团为CY5。

使用不同的荧光组合也可以达到本发明的目的。荧光团要想发生荧光能量共振转移,需要满足两个条件:(1)供体的发射光谱与受体的吸收光谱要有重叠;(2)荧光供体及荧光受体两者的距离较近,不大于10nm。FAM/BHQ1这对荧光/猝灭组合在所有荧光标记中最为常见,也相对便宜。CY3/CY5这对荧光供体/受体基团是因为它们不容易受到体系中的酸碱性影响,并且它们的荧光转移效率较高。

以四面体为例,探针P1四个顶点上的DNA发夹,中间修饰荧光基团,探针P2四个顶点上的DNA发夹,3’端修饰荧光猝灭基团;若探针P1的DNA发夹,中间修饰荧光供体基团,则探针P2的DNA发夹,3’端修饰荧光受体基团。DNA荧光在末端修饰时,价格最便宜,合成容易且产率较高。

本发明的第二目的在于提供一种等温核酸扩增传感器的制备方法,包括如下步骤:

(a)设计并合成探针P1或P2:将用于组装DNA框架结构的若干DNA单链与DNA发夹1或DNA发夹2按比例混合于缓冲液中,在85-100℃加热变性5-10min,然后在37℃及以下并保持1-30min,获得探针P1或P2;

(b)设计并合成探针Lock-In:将2条DNA单链Lock和In按比例混合于缓冲液中或将DNA发夹单链混合于缓冲液中,在85-100℃加热变性5-10min,然后缓慢降到37℃及以下,获得探针Lock-In。

由于核酸链带负电,互补时需加入阳离子中和核酸链的负电性,才能让双链互补,其中,钠离子和镁离子最常用。优选地,步骤(a)中,缓冲液的镁离子含量不低于10mM;更优选地,缓冲溶液中镁离子浓度为50mM,在95℃下加热变性5min;

步骤(b)中,缓冲液的氯化钠浓度不低于100mM或镁离子含量不低于5mM,Lock和In的摩尔比不低于1:1;优选地,Lock和In以摩尔浓度比为1:1。

本发明的第三目的在于提供一种等温核酸扩增传感器在生物检测中的应用,尤其是在检测次氯酸及髓过氧化物酶中的应用。

相对于现有技术,本发明所述的快速检测次氯酸及髓过氧化物酶的等温核酸扩增传感器具有以下有益效果:

(1)探针快速、可控制备:探针的构建只需5分钟就可以完成。与现有的通常需要几个小时的方法相比,检测时间不超过30分钟,大大提高了传感器的检测效率。

(2)一锅式检测:PS修饰位点的裂解反应不需要复杂的反应条件和操作,只需要将探针放入37℃,过半小时后测荧光即可。

(3)比例型定量检测:比例型检测可以防止假阳性信号外,并且比率法检测还具有对分析物进行定量的优势。该生物传感器不受pH值范围、缓冲液类型和基质的影响。

(4)稳定的信号输出和长期储存:传感器的性能在6个月内几乎没有变化,表明生物传感器即使在长期储存后也具有良好的稳定性。

(5)简单性和安全性:该生物传感器不涉及复杂的有机合成、易降解的蛋白酶、训练有素的操作人员、昂贵的仪器和专用的实验室空间,这使得即使在资源有限的环境下也能获得可靠的检测结果。此外,没有任何试剂含有危险物质,不会对用户不友好。

(6)强大的通用性:基于杂交链式反应的信号放大核酸电路设计可以扩展到其他具有更高灵敏度的信号放大策略中。

因此,我们的工作不仅可以广泛应用于生物传感器和分子诊断的相关研究领域,而且在商业应用方面也有很大潜力。

附图说明

为了更清楚地说明本发明

具体实施方式

或现有技术中的技术方案,下面将对具体实施方式或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍,显而易见地,下面描述中的附图是本发明的一些实施方式,对于本领域普通技术人员来讲,在不付出创造性劳动的前提下,还可以根据这些附图获得其他的附图。

图1为本发明核酸纳米传感器结构及检测机理,其中,图1a是次氯酸在特定位点断裂硫代磷酸修饰的核酸;图1b是四面体介导的杂交链式反应用于检测次氯酸;图1c是四面体介导的杂交链式反应用于检测MPO;

图2为本发明核酸纳米传感器结构合成及表征,其中,图2a为不同浓度的HOCl切割Lock-In的聚丙烯酰胺凝胶电泳表征图;图2b为次氯酸引发传统HCR反应的聚丙烯酰胺凝胶电泳表征图;图2c为探针P1和P2的聚丙烯酰胺凝胶电泳表征图;图2d为次氯酸加入后启动TDN-HCR的琼脂糖凝胶电泳表征图;

图3为本发明核酸纳米传感器检测次氯酸的荧光结果,其中,图3a为TDN-HCR对HOCl的荧光比率检测示意图;图3b为加入不同成分的荧光光谱和FRET比率(FA/FD)变化,Line1:P1+P2+Lock-In+HOCl,Line2:P1+P2+Lock-In,Line3:P1+P2;图3c为加入不同Lock序列后R/R0的变化情况;图3d为加入HOCl(0-10μM)后生物传感器的荧光光谱;图3e为HOCl浓度依赖的FA/FD与HOCl(0-10μM)浓度的变化以及插图是在0nM-200nM范围内FA/FD与HOCl浓度的线性关系;图3f为生物传感器对HOCl(500nM)和其他分析物(5μM)的FA/FD变化,条件:[P1]=[P2]=50nM,[H1]=[H2]=200nM,[Lock-In]=500nM,[HOCl]=1μM,在37℃下反应30min,λex=548nm;

图4为本发明核酸纳米传感器检测MPO的荧光结果,其中,图4a为加入不同成分后的荧光光谱和FRET比率(FA/FD),Line1:P1+P2+Lock-In+MPO+Cl-+H2O2,Line2:P1+P2+Lock-In+MPO+Cl-,Line3:P1+P2+Lock-In+MPO+H2O2,Line4:P1+P2+Lock-In+Cl-+H2O2,Line5:P1+P2+Lock-In;图4b为加入MPO后FA/FD的时间依赖性;图4c为在0-1μg/mL范围内,MPO浓度依赖性的荧光光谱和FA/FD的变化;图4d为在2-25ng/mL范围内,FA/FD与MPO浓度的对数之间的线性关系;图4e为生物传感器对MPO(50ng/mL)和其他分析物(500ng/mL)的FA/FD变化;图4f生物传感器对普通生理物质的抗干扰能力;图4g为不同浓度的4-ABAH对MPO的氯化活性的影响;图4h为生物传感器的长期稳定性超过6个月;图e-h为MPO的浓度为50ng/mL,条件:[P1]=[P2]=50nM,[H1]=[H2]=200nM,[Lock-In]=200nM,[H2O2]=[Cl-]=100μM,PB 6.0,37℃下反应30min;

图5为本发明核酸纳米传感器在实际样品中检测MPO的荧光结果,有无MPO的六个样品的荧光照片和荧光强度直方图,其中,a:在PBS 7.4中加入MPO;b:在血浆中加入MPO;c:加入血清中的MPO;d:加入细胞裂解液中的MPO;e:唾液中添加的MPO;f:不含MPO的PBS。

具体实施方式

下面将结合实施例对本发明的技术方案进行清楚、完整地描述,显然,所描述的实施例是本发明一部分实施例,而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例,本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例,都属于本发明保护的范围。除非另外定义,本发明中使用的所有技术和科学术语与本技术领域技术人员通常理解的意义相同。除实施例中使用的具体方法、设备、材料外,根据本技术领域的技术人员对现有技术的掌握及本发明的记载,还可以使用与本发明实施例中所述的方法、设备、材料相似或等同的现有技术的任何方法、设备和材料来实现本发明。除非另外说明,本发明中实施例涉及的方法,除非另有说明,否则均为相关领域的常规技术和方法。实施例中所用的材料、试剂、设备等,如无特殊说明,均可从商业途径得到。

本发明实施例中所采用的核酸序列下表1所示,寡核苷酸由上海生工生物技术有限公司合成,使用前通过高效液相色谱进行纯化。荧光光谱由日立RF-5301荧光光谱仪(日立公司,日本)测量。凝胶电泳结果由凝胶记录系统(汇福兴业,北京,中国)获得。96孔板在BioTek Synergy 4微板阅读器(BioTek Instruments Inc.,USA)上进行测量。

表1本发明实施例中所采用的核酸序列

注:Lock中若碱基后有*代表该碱基被硫代磷酸修饰。

实施例1:合成探针P1、P2和Lock-In

本发明的核酸纳米传感器包含三个部分:a,探针1(P1),分别由五种DNA单链(S1,S2,S3,S4和H1)构成四面体刚性纳米结构;b,探针2(P2),分别由五种DNA单链(S1,S2,S3,S4和H2)构成四面体刚性纳米结构,其中H1和H2构成无酶扩增反应如杂交链式反应(HCR)的两个单元;c,探针3(Lock-In),硫代磷酸修饰的核酸构成锁链(Lock),能够引发杂交链式反应的引发链(In),其中In最初被Lock锁上,无法引发HCR,当有目标物髓过氧化物酶时,催化H2O2和氯离子(Cl-)产生次氯酸(HOCl),硫代磷酸链断裂,随后释放In,引发H1和H2发生无酶扩增反应。

(1)将S1、S2、S3、S4、h1、h2、H1、H2、Lock和In这些DNA单链(表1)用无酶水稀释至20μM,涡旋10s,使单链充分混匀。分装后放置在4℃下短暂存放,长期存放则在-20℃冰箱。获得的探针无需进一步分离或纯化,直接用于后续实验。

(2)探针P1的合成:将1μM的S1、S2、S3和S4与4μM H1混合在Tris-HCl-Mg2+缓冲液(20mM Tris-HCl,50mM MgCl2,pH=8.0)后,混匀离心,在95℃下加热5min,立即放在冰块上冷却制得,于4℃下保存待用。获得的探针无需进一步分离或纯化,直接用于后续实验。

(3)探针P2的合成:将1μM的S1、S2、S3和S4与4μM H2混合在Tris-HCl-Mg2+缓冲液(20mM Tris-HCl,50mM MgCl2,pH=8.0)后,混匀离心,在95℃下加热5min,立即放在冰块上冷却制得,于4℃下保存待用。获得的探针无需进一步分离或纯化,直接用于后续实验。

(4)探针Lock-In的合成:将等比例的锁链(Lock,10μM)和引发链(In,10μM)混合在1×PBS(0.01M,pH 7.4)缓冲液中,混匀离心,在95℃下加热5min,缓慢降到25℃,继续反应30min,于4℃下保存待用。

实施例2:探针的电泳表征

(1)HOCl切割Lock-In:荧光标记的Lock(2μM)或荧光标记的Lock-In(2μM)与不同浓度的次氯酸在1×PBS缓冲液,37℃下孵育1h。利用10%的聚丙烯酰胺凝胶电泳对Lock-In及裂解产物进行表征。在4℃、120V条件下,电泳分离80min。室温下将凝胶放入GelImage系统中进行成像观察。

(2)HOCl引发经典的HCR:h1,h2,In或Lock-In各2μM与不同浓度的次氯酸在1×PBS缓冲液,37℃下孵育4h。利用10%的聚丙烯酰胺凝胶电泳对锁链及裂解产物进行表征。在4℃、120V条件下,电泳分离80min。室温下将凝胶放入GelRed中染色15min后,再将凝胶放入GelImage系统中进行成像观察。

(3)探针P1和P2的构建:将1μMS1、S2、S3、S4和4μM H1、H2按照精确的配比加入到200μL PCR管内,在Tris-HCl-Mg2+缓冲液(20mM Tris-HCl,50mM MgCl2,pH=8.0)混匀离心。95℃下加热5min,立即放在冰块上冷却。利用6%的聚丙烯酰胺凝胶电泳进行表征。在4℃、120V条件下,电泳分离80min。室温下将凝胶放入GelRed中染色15min后,再将凝胶放入GelImage系统中进行成像观察。

(4)HOCl引发TDN-HCR:将500nM P1和P2,2μM Lock-In和In与不同浓度的次氯酸在1×PBS缓冲液,37℃下孵育30min。利用2%的琼脂糖凝胶电泳对组装产物进行表征。在4℃、80V条件下,电泳分离30min。凝胶事先用GelRed染色,分离操作完成后,将凝胶放入GelImage系统中进行成像观察。

实施例3:探针体外检测次氯酸

(一)合成探针

(1)荧光标记的探针P1的合成:将1μM的S1、S2、S3和S4与4μMH1(Cy3标记)混合在Tris-HCl-Mg2+缓冲液(20mM Tris-HCl,50mM MgCl2,pH=8.0)后,混匀离心,在95℃下加热5min,立即放在冰块上冷却制得,于4℃下保存待用。获得的探针无需进一步分离或纯化,直接用于后续实验。

(2)荧光标记的探针P2的合成:将1μM的S1、S2、S3和S4与4μM H2(Cy5标记)混合在Tris-HCl-Mg2+缓冲液(20mM Tris-HCl,50mM MgCl2,pH=8.0)后,混匀离心,在95℃下加热5min,立即放在冰块上冷却制得,于4℃下保存待用。获得的探针无需进一步分离或纯化,直接用于后续实验。

(二)体外识别及结果

次氯酸响应的荧光光谱:将50nM P1、50nM P2和500nM Lock-In混匀在100μL PBS缓冲液(pH=7.4)中,与不同浓度的HOCl(0至10μM)在37℃下孵育30min。然后,在548nm的激发下,收集该混合物在550至800nm的荧光光谱。其中,FA和FD分别是Cy5在665nm和Cy3在561nm的荧光。所有实验至少重复三次。

动力学研究:将50nM P1、50nM P2和500nM Lock-In混匀在100μL PBS缓冲液(pH=7.4)中,温度控制37℃,开始测量561nm和665nm处的初始荧光强度。加入HOCl后每隔1min在561nm和665nm通道拍摄光谱。以每个时间点的FA/FD与时间作图。

特异性实验:NaOCl(ε292nm=350M-1cm-1)水溶液作为HOCl供体。H2O2240nm=43.6M- 1cm-1)水溶液作为H2O2供体。黄嘌呤/黄嘌呤氧化酶作为超氧化物(O2 -)供体。通过向含有过量H2O2的溶液中加入Fe2+产生·OH。TBHP储备溶液(10mM)是通过在998.8μL的H2O中加入1.2μL的70%TBHP获得的。NO储备液(10mM)是通过将2.98mg硝普钠溶解在1mL的H2O中获得的。在100μL PBS缓冲液(pH=7.4)中向探针(50nM P1、50nM P2和500nM Lock-In)添加ROS/RNS发生器,最终浓度为干扰物浓度为10μM,HOCl浓度为1μM。样品在37℃下孵育30min,并记录荧光光谱。

实施例4:探针体外检测MPO

(一)合成探针

方法同实施例3(一)

(二)体外识别及结果

MPO响应的荧光光谱:MPO溶液是通过将MPO溶解在1mL水中(含20%的甘油)来制备的。该溶液储存在4℃,并在2周内使用。将50nM P1、50nM P2和200nM Lock-In混匀在100μLPBS缓冲液(pH=6.0)中,与不同浓度的MPO(0至1μg/mL)在37℃下孵育30min。然后,在548nm的激发下,收集该混合物在550至800nm的荧光光谱。其中,FA和FD分别是Cy5在665nm和Cy3在561nm的荧光。所有实验至少重复三次。

动力学研究:将50nM P1、50nM P2和200nM Lock-In混匀在100μL PBS缓冲液(pH=6.0)中,温度控制37℃,开始测量561nm和665nm处的初始荧光强度。再加入MPO,每隔1min在561nm和665nm通道拍摄光谱。以每个时间点的FA/FD与时间作图。

为了探索卤素离子对该系统的影响,MPO标准溶液应在裂解反应前用10k超滤管(10k,Amicon Ultra-0.5)离心3次以去除氯化物。

将MPO的抑制剂(4-ABAH)用DMSO稀释。在本实验中,将4-ABAH直接加入MPO(50ng/mL)溶液中,然后在裂解反应前在37℃下孵育30min。

实施例5:探针在复杂基质中检测MPO

(一)合成探针

方法同实施例3(一)

(二)回收率实验

(1)血清/血浆:我们从商业渠道购买人血清和血浆,用PBS稀释100倍后使用。在稀释的人血清和血浆样品中加入不同量的MPO进行回收测试。

(2)细胞裂解液:小鼠单核巨噬细胞RAW264.7来自中国科学院类型培养库细胞库(中国上海),在含有10%FBS和1%青霉素-链霉素(PS,10000IU青霉素和10000μg/mL链霉素)的DMEM(GIBCO)培养基中培养。细胞每3天传代一次,30次传代后,从库存中重新开始培养。细胞裂解液是通过将细胞与哺乳动物细胞裂解缓冲液(50mM Tris-HCl,150mM NaCl,0.1%SDS,0.5%脱氧胆酸和蛋白酶抑制剂)混合制备的,随后离心以去除核DNA和细胞膜碎片。在稀释100倍的细胞裂解液样品中加入不同含量的MPO进行回收测试。

(3)唾液:未受刺激的全人类唾液样品是在清晨食用任何食物/饮料之前收集的。样品在10,000g下离心30min,清澈的上清液被转移到微离心管中,不使用时储存在-20℃的冰箱中。在稀释100倍的人唾液样品中加入不同含量的MPO进行回收测试。

实施例6:便携式设备检测MPO活性

(一)合成探针

(1)FAM/BHQ1标记的探针P1的合成:将1μM的S1、S2、S3和S4与4μM H1(FAM/BHQ1标记)混合在Tris-HCl-Mg2+缓冲液(20mM Tris-HCl,50mM MgCl2,pH=8.0)后,混匀离心,在95℃下加热5min,立即放在冰块上冷却制得,于4℃下保存待用。获得的探针无需进一步分离或纯化,直接用于后续实验。

(2)探针P2的合成:将1μM的S1、S2、S3和S4与4μM H2混合在Tris-HCl-Mg2+缓冲液(20mM Tris-HCl,50mM MgCl2,pH=8.0)后,混匀离心,在95℃下加热5min,立即放在冰块上冷却制得,于4℃下保存待用。获得的探针无需进一步分离或纯化,直接用于后续实验。

(二)构建便携设备

将PCR管放在一个自制的室内,使用紫外线灯进行激发,用智能手机捕捉荧光图像。对于半定量的测试,结果可以直接用肉眼读取。所有的实验都进行了三次,以确保可重复性。智能手机摄像头拍摄的荧光图像被传输到电脑上,使用图像处理软件ImageJ进行进一步分析。通过选择每个检测区的整个区域,获得每个检测区的平均绿色通道值。空白样品的平均绿色通道值被用作背景并从检测区的数值中减去。

对比例:

从表2和表3中可以看出本发明的等温核酸扩增传感器在检测次氯酸时,与其他基于比色或荧光检测的方法相比,该生物传感器的检测限是我们所知的最低的。当利用本发明的等温核酸扩增传感器检测MPO时,效果优于或可与报道的比色法、荧光法和电化学检测法相媲美。虽然比免疫测定法更高的LOD,但大大简化的操作和显著缩短的时间使我们的方法更适合于实际应用。

表2不同的荧光法检测HOCl的比较

表3不同的分析方法检测MPO的比较

下面结合附图详细说明本发明制备的等温核酸扩增传感器的结构和性能

实验例1:基于TDN-HCR的HOCl传感策略的工作机理分析

当核酸结构一个非桥接的氧被硫代磷酸(phosphorothioate,ps)修饰时,加入适量的HOCl会在特定的位点出现断裂(图1a)。由于硫代磷酸修饰的核酸只是稍微扰乱了DNA的结构,不影响碱基配对,保留了DNA的可编程性。

在这项工作中,我们开发了TDN-HCR纳米传感器检测HOCl(图1b)。杂交链式反应(HCR)是一种高度简便且兼具多重功能的无酶核酸等温扩增技术。在传统的HCR中,两个发夹探针(h1和h2)在引发链(In)触发下交替打开,组装成长的线性双链产物,并伴随着荧光共振能量转移(FRET)等信号输出。然而,传统的无酶反应依靠核酸分子在溶液中发生随机碰撞和相互作用,存在生物稳定性弱、反应动力学慢、杂化效率低等问题。为了加快HCR的反应动力学,我们利用四面体核酸纳米结构(tetrahedral DNA nanostructure,TDN)介导的超支化HCR策略。将h1和h2分别固定在TDN的四个顶点上。为了与TDN四条链的突出端互补,在h1和h2上延长T22G2设计H1和H2发夹。随后,通过将H1和H2连接到TDN的四个顶点,可以得到两组TDN发夹单元(P1和P2)。加入引发链(In)后,将P1中的H1发夹打开,释放出来的序列可以进一步将P2中的H2发夹打开,形成H1/H2复合物,最终组装形成超支化的核酸结构。与常规HCR不同的是,我们通过在TDN四个顶角上引入DNA发夹,可提高有效碰撞概率并增加局部浓度,从而大大加快反应动力学。接下来,我们根据引发链的序列特征,设计含有硫代磷酸修饰的锁链(Lock),在没有添加HOCl的情况下,锁链与引发链形成一种复合物(Lock-In),使HCR反应无法进行。当加入不同浓度的次氯酸时,锁链中硫代磷酸的位置被切割,锁链结构不稳定,从复合物(Lock-In)中释放出引发链,从而启动HCR反应来检测次氯酸(图1b)。在生理条件下,MPO介导H2O2对氯离子(Cl-)的过氧化作用,产生HOCl。因此,我们提出的策略可以很容易地扩展到监测MPO活性(图1c)。

实验例2:电泳分析

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)和琼脂糖凝胶电泳(AGE)初步评估了传感器的可行性,对设计方案进行了初步评价。(1)Lock-In被HOCl切割:如图2a所示,Lock与In杂交后形成稳定的Lock-In双链,其迁移率比Lock慢。同时,当用HOCl处理Lock-In时,出现了一条与荧光标记的Lock的裂解片段相对应的新条带,且断裂程度与HOCl浓度有关,表明Lock链被裂解并从Lock-In双链中释放出来。(2)HOCl引发传统HCR反应:如图2b所示,h1、h2和h1+h2分别表现为一条DNA带(泳道2、7、8)。加入In后,在凝胶上可以清楚地看到类似于交替共聚物的长缺口双链DNA带(泳道1)。当In被Lock-In取代时,HCR过程被抑制了(泳道6)。当In被HOCl从Lock中释放出来时,HCR过程又可以自动进行。从第3-5泳道的结果可以清楚地看到,HOCl的存在对于启动HCR过程是必要的。(3)HOCl启动的TDN-HCR:随着连续加入寡核苷酸S1、S2、S3、S4和H1或H2,观察到电泳迁移率明显下降,表明P1和P2已成功制备(图2c)。P1和P2可以分别取代h1和h2,进行HOCl启动的TDN-HCR。P1/P2和P1/P2/Lock-In混合物给出了类似的DNA条带(泳道1和2,图2d),表明Lock-In不会自发启动TDN-HCR。然而,在HOCl的存在下,形成了大尺寸的HCR产物(泳道3-5,图2d),它不能从上样孔迁移,表明HOCl成功地启动了TDN-HCR。应该指出的是,即使是0.5μM的HOCl也能有效地启动TDN-HCR,这意味着与传统的HCR相比,TDN-HCR的HOCl检测能力有很大的提高。

实验例3:基于FRET的HOCl比率型检测

基于FRET的荧光信号输出模式,由于能有效防止探针降解、浓度波动和激发光强度变化引起的假阳性信号,因此明显优于普通荧光/淬灭系统。为了实现对溶液中HOCl的FRET检测,分别在H1和H2适当的位置修饰了荧光基团供体Cy3和荧光受体Cy5。在HOCl成功触发TDN-HCR后,它们之间的FRET会从“关闭”变为“开启”状态(图3a)。为了证实我们提出的HOCl传感策略的可行性,首先进行了荧光分析。如图2b所示,P1/P2和P1/P2/Lock-In混合物给出了相同的荧光光谱(Line2,3)。当HOCl被添加到P1/P2/Lock-In混合物中时,TDN-HCR被成功启动,导致Cy3荧光大大减少,Cy5荧光明显增加(Line 1)。由荧光光谱中计算得出的FRET比(FA/FD)中显示,含HOCl的FA/FD比不加HOCl的对照组高约12.7倍(FA是指在548nm处被激发后,Cy5在665nm处的发射信号值;FD是Cy3在548nm处被激发后,561nm处的发射信号值)。

在证明了对HOCl进行比率检测的可行性后,为了达到最佳的检测效果,我们对传感器的设计和一些重要的实验条件进行了优化。首先,我们选择了最佳的Lock(图3c)。一个理想的Lock应该与In杂交并在没有HOCl的情况下保持沉默,但可以被HOCl迅速切割释放In,从而引发随后的HCR反应。因此,我们仔细选择Lock的长度以及Lock中PS修饰的数量及位置。我们比较了四条长度相同但PS修饰数量不同的Lock链(Lock0、Lock1、Lock2和Lock3,其中PS修饰位点分别为0、1、2和3)。由于缺乏PS修饰,Lock0-In双链对HOCl没有反应,不能启动HOCl依赖的TDN-HCR。相反,所有的Lock1-In、Lock2-In和Lock3-In可以对HOCl作出反应,使FA/FD大大增加。然而,当修饰点的数量为两个或更多时,背景信号急剧增加。据报道,与未修饰的双链相比,每个PS位点的Tm平均下降0.65℃。PS修饰对双链不稳定性的影响可以通过增加双链的长度来克服。当延长Lock的长度并逐渐增加PS修饰位点时,如Lock4-6,在没有HOCl的情况下,HCR保持沉默。其中,Lock5-In和Lock6-In可以被HOCl快速裂解以释放In,从而触发随后的HCR过程,而Lock4则不能。因此,PS修饰位点应设计在靠近锁的中间位置。这样可以在双链被HOCl切割后最大限度地释放In。

接下来,以R/R0为标准(R和R0分别为含HOCl和不含HOCl的FA/FD),优化了HOCl检测的操作条件,包括DNA探针(P1、P2和Lock-In)的浓度和比例、缓冲液类型和pH、反应时间。其中,探针浓度、比例和反应时间对反应有明显影响,而缓冲液类型和pH值影响不大。优选地,在接下来的实验中选择了50nM的P1,50nM的P2,500nM的Lock-In,30分钟的反应时间,用于检测HOCl。

在优化的条件下,对HOCl传感平台的灵敏度进行了分析。随着HOCl浓度从0增加到10μM,FA/FD值逐渐增加(图3d)。FA/FD值在2.5nM到200nM的范围内与HOCl浓度呈线性相关(图3e)。回归方程为Y=0.0089X+0.2025(其中Y和X分别代表FA/FD和HOCl浓度),根据3σ/S规则(σ代表空白对照(N=10)的标准偏差,S是校准曲线的斜率),检测极限(LOD)估计为0.8nM。值得注意的是,与其他基于比色或荧光检测的方法相比(表2),该生物传感器的LOD是我们所知的最低的。值得注意的是,尽管感应过程包括HOCl触发的Lock-In裂解和释放的In触发的TDN-HCR,但这两个步骤的操作可以结合起来,使整个HOCl检测在“一锅法”模式下完成,这大大简化了操作。

众所周知,由于生物系统中存在大量的活性氧和还原物种,具有高选择性和抗干扰性的生物传感器有利于准确检测HOCl。我们进一步研究了生物传感器对HOCl和其他潜在干扰分析物的选择性。如图3f所示,只有HOCl促成了荧光强度比(FA/FD)的显著增强,而其他干扰分析物即使在10倍高的浓度下也表现出可忽略的FA/FD变化。这些结果证实,我们的生物传感器可以在复杂的生物系统中实现对HOCl的高选择性检测。

实验例4:基于FRET的MPO比率型检测

在有Cl-和H2O2的情况下,加入MPO可以大大增加传感系统的FRET信号,证明了我们的方法在MPO检测上的可行性。相反,对于缺乏Cl-、H2O2或MPO的传感系统,几乎没有观察到FRET信号的变化。这一结果有力地证明了我们提出的检测机制,也就是说,只有在MPO存在下,MPO催化Cl-的氧化产生HOCl,然后启动TDN-HCR,使FERT信号输出增强(图3a)。为了获得最佳的MPO检测效果,一些关键的实验条件以R/R0为标准进行了优化,包括反应温度,Cl-、H2O2和Lock-In的浓度,缓冲液类型和pH值,以及反应时间。优选地,我们选择了37℃、200nM的Lock-In、100μM的氯离子、100μM的H2O2、pH6.0的PB缓冲液和30min的反应时间来检测MPO(图3b)。

在优化的条件下,对所提方法的MPO检测性能进行了评估。如图3c所示,FRET信号与MPO浓度密切相关。FA/FD值与MPO在0到1000ng/mL的浓度范围内呈现S形曲线。在2至25ng/mL的范围内,FA/FD与MPO浓度的对数呈线性相关(R2=0.9859)(图3d)。回归方程为Y=3.682X-0.4307,其中Y和X分别代表FA/FD比率和MPO浓度的对数值。LOD约为3.75ng/mL,优于或可与报道的比色法、荧光法和电化学检测法相媲美。虽然比免疫测定法更高的LOD(表3),但大大简化的操作和显著缩短的时间使我们的方法更适合于实际应用。

然后,通过检测其他几种常见的酶(辣根过氧化物酶、过氧化氢酶、黄嘌呤氧化酶、葡萄糖氧化酶和谷胱甘肽还原酶)、蛋白质(牛血清白蛋白)和各种生物相关分子,如金属离子、阴离子、氧化还原物质、氨基酸和葡萄糖,研究了MPO检测的特异性。如图3e和3f所示,与空白对照相比,所有测试的生物分子和离子都没有给出正的FRET信号。

MPO浓度和活性的升高与许多导致炎症事件的发生和发展的病理因素有关。最近的研究表明,MPO可以作为一个重要的生物诊断标志物和治疗目标。因此,筛选能够有效抑制MPO活性,从而减弱炎症反应的活性化合物是目前研究的重点。为了评估生物传感器在筛选MPO抑制剂方面的潜力,我们用4-氨基苯甲酸酰肼(4-ABAH)作为模型,这是一种广泛用于MPO不可逆抑制剂的药物。如图3g所示,FA/FD比率随着4-ABAH浓度的增加而下降(0至15μM)。经计算,半最大抑制浓度(IC50)为0.77μM,这与最近的研究报告相似。这一结果表明,我们提出的生物传感器可用于筛选MPO抑制剂并评估其抑制活性,在抗炎药物的开发方面显示出巨大的潜力。

一个稳定可靠的生物传感器对于诊断试剂盒的开发至关重要。我们将所提出的传感系统在4℃下保存不同的时间,并对其MPO检测能力进行了6个月的跟踪。如图3h所示,传感系统的背景值从开始到6个月后几乎没有变化,同时MPO传感性能变化很小,表明生物传感器即使在长期储存后也有良好的稳定性。

实验例5:测定实际样品中的MPO活性

该生物传感器被进一步用于检测真实样品中的MPO活性。以血浆为例,首先,测试了血浆稀释率对MPO检测的影响。在不同稀释度的样品中加入相同浓度的HOCl或MPO,结果发现大约100倍稀释的血浆对MPO的检测没有明显影响。然而,在10倍稀释的血浆中,无法检测MPO,通过添加更多的H2O2也无法抵消和中和传感系统中的还原物质。接下来,不同浓度的MPO被添加到100倍稀释的血浆样品中,通过比较测量的MPO活性和添加量来计算回收率。为了进行比较,还用一个商业检测试剂盒测定了真实样品中的MPO加标量。我们的方法测定的血浆中MPO的回收率为95.6%至102.3%,相对标准偏差为2.9%至14.2%,这与商业试剂盒的结果一致(表4)。这表明我们提出的方法具有良好的精度和高准确性。最后,将我们的生物传感器还应用于其他三种真实样品:血清、细胞裂解液和唾液(表5)。结果表明,该生物传感器可用于复杂生物样品中MPO的定量测定。

表4在血浆中检测MPO的回收率及与市售试剂盒对比

表5在血清、细胞裂解液及唾液中检测MPO的回收率

实验例6:生物传感器的便携性

MPO的异常导致个体对一些疾病易感性的差异,与许多人类疾病的发生和发展密切相关,因此其快速检测越来越受到国内外学者的关注。我们的生物传感器还可以设计与低成本的便携式检测设备相结合,实现MPO的即时检测(Point-of-care testing,POCT)。因此,我们使用了一对荧光/淬灭剂(FAM/BHQ1)来标记H1。由于发夹结构中的荧光基团和淬灭剂之间的紧密接触,FAM的荧光被淬灭了。MPO可以触发P1和P2之间的TDN-HCR,导致发夹结构的打开,从而恢复FAM的荧光。通过利用手持式紫外灯照射传感系统,四个MPO阳性的真实样品发出了明亮的绿色荧光(图4)。检测结果可以通过肉眼或智能手机来判断,它可以半定量地对荧光强度进行分级。也就是说,我们提出的方法可用于开发便携式MPO检测试剂盒,甚至可以在资源短缺或偏远地区使用。

本发明核酸传感器利用杂交链式反应进行扩增,它是一种无酶扩增反应,通过改变核酸序列也可以达到本发明的实验目的。

本发明核酸传感器中Lock-In中,Lock的碱基数通过延长或增加硫代磷酸修饰位点也可以达到目标。

最后应说明的是:以上各实施例仅用以说明本发明的技术方案,而非对其限制;尽管参照前述各实施例对本发明进行了详细的说明,本领域的普通技术人员应当理解:其依然可以对前述各实施例所记载的技术方案进行修改,或者对其中部分或者全部技术特征进行等同替换;而这些修改或者替换,并不使相应技术方案的本质脱离本发明各实施例技术方案的范围。

序列表

<110> 南开大学

<120> 一种等温核酸扩增传感器的制备方法及应用

<160> 10

<170> SIPOSequenceListing 1.0

<210> 1

<211> 79

<212> DNA

<213> 人工序列 S1

<400> 1

ccaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaacattc ctaagtctga aacattacag cttgctacac 60

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<210> 2

<211> 79

<212> DNA

<213> 人工序列 S2

<400> 2

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<210> 3

<211> 79

<212> DNA

<213> 人工序列 S3

<400> 3

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<210> 4

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<212> DNA

<213> 人工序列 S4

<400> 4

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<210> 5

<211> 18

<212> DNA

<213> 人工序列 Lock

<400> 5

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<211> 22

<212> DNA

<213> 人工序列 In

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<210> 7

<211> 67

<212> DNA

<213> 人工序列 H1

<400> 7

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<210> 8

<211> 67

<212> DNA

<213> 人工序列 H2

<400> 8

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aacttag 67

<210> 9

<211> 43

<212> DNA

<213> 人工序列 h1

<400> 9

tcaacatcag tgtgatatgc tactaagtta gcatatcaca ctg 43

<210> 10

<211> 43

<212> DNA

<213> 人工序列 h2

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