本发明提出一种环保作业的无人艇控制方法及应用其的无人艇系统,其中方法包括以下步骤:根据预设作业点的位置,生成路径规划航线;控制无人艇追踪路径规划航线,同时控制放下清扫装置对途径的水面进行清理,通过水质监测传感器对水体的水质进行探测;无人艇控制采用分离式控制方法,包括外环制导和内环控制;外环制导:根据无人艇实际位置与规划航线的距离误差,计算出期望艏向角ψ-(ref);内环控制:根据期望艏向角ψ-(ref)计算出期望的舵角,计算并输出无人艇两个推进器的油门,通过两个油门的差速控制无人艇的航向和航速;本发明能够保证无人艇的行驶路径,且有效对路径上的垃圾进行清理,并对路径上的水质进行探测,保证水体的清洁干净无污染。