南丹瑶鸡鸡蛋浓蛋白高度和蛋黄颜色关联的snp分子标记的筛选方法和用途

文档序号：1265130 发布日期：2020-08-25 浏览：37次 >En<

阅读说明：本技术 南丹瑶鸡鸡蛋浓蛋白高度和蛋黄颜色关联的snp分子标记的筛选方法和用途 (Screening method and application of SNP molecular marker associated with concentrated egg protein height and yolk color of Nandan Yao chicken ) 是由杨秀荣邹乐勤邓继贤于 2020-06-11 设计创作，主要内容包括：本发明公开了南丹瑶鸡鸡蛋浓蛋白高度和蛋黄颜色关联的SNP分子标记的筛选方法,直接从与鸡蛋品质相关的基因中筛选得到与鸡蛋浓蛋白高度和蛋黄颜色关联的8个SNP分子标记,这些SNP分子标记所处的序列如SEQ ID NO:1-SEQ ID NO:8所示。本发明提供的SNP分子标记筛选方法简化了全基因组关联分析,直接对性状相关基因进行SNP标记的筛选,比全基因组测序的费用少,适用于高遗传力的数量性状的选育。筛选得到的SNP分子标记可用于分子辅助育种,在早期可以直接在基因组水平上选育个体,不依赖表型信息,对于低遗传力,难以度量的性状可显著提高选择效率,加快育种进程,节省中间饲养费用,提高了育种效率,降低了育种成本,具有广泛的应用前景。(The invention discloses a screening method of SNP molecular markers associated with the height of concentrated egg white and the color of yolk of Nandan Yao chicken eggs, which directly screens 8 SNP molecular markers associated with the height of concentrated egg white and the color of yolk from genes associated with the quality of eggs, wherein the sequences of the SNP molecular markers are shown as SEQ ID NO. 1-SEQ ID NO. 8. The SNP molecular marker screening method provided by the invention simplifies the whole genome association analysis, directly screens the SNP marker of the gene related to the character, has lower cost than whole genome sequencing, and is suitable for the quantitative character breeding with high heritability. The SNP molecular marker obtained by screening can be used for molecular assisted breeding, individuals can be directly selected and bred on the genome level in the early stage, phenotype information is not relied on, the selection efficiency can be obviously improved for the characters with low heritability and difficult measurement, the breeding process is accelerated, the intermediate breeding cost is saved, the breeding efficiency is improved, the breeding cost is reduced, and the application prospect is wide.)

南丹瑶鸡鸡蛋浓蛋白高度和蛋黄颜色关联的SNP分子标记的筛选方法和用途

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，涉及南丹瑶鸡鸡蛋浓蛋白高度和蛋黄颜色关联的SNP分子标记的筛选方法和用途。

背景技术

鸡蛋在人们的饮食中称得上是必需品，其营养丰富，价格便宜，同时有着一定的保健功能。随着人们的生活水平质量的提高，内部品质高的鸡蛋受到更多消费者的青睐。蛋清的浓稠度和蛋黄颜色是消费者选择的重要指标。蛋清的浓稠度指标用浓蛋白高度来表示，其与鸡蛋蛋品质、新鲜度有关，浓蛋白高度越高，蛋品质越好；鸡蛋中营养成分最丰富的是蛋黄，蛋黄颜色的深浅与蛋黄中沉积的色素含量有关，蛋黄颜色越深往往越受欢迎。

利用传统的选育方法，国内外已经成功地培育了大量的畜禽品种。但是，传统育种主要凭借育种经验依据表型对后代进行选择，无法对目标基因的基因型进行直接选择，因此，选育耗时长，表型的测量复杂，选择效率和准确性较低。目前，将分子生物学技术应用于育种中，可在分子水平上进行育种，通过分子标记辅助育种或遗传修饰育种(转基因育种)，可以大大提高育种的选择效率，缩短选育时间。

浓蛋白高度和蛋黄颜色都属于数量性状，数量性状受多基因效应共同影响，往往在基因中起作用的是某个或几个SNP位点，传统家禽育种对其无法进行直接选择，导致了传统育种选择效率和准确性较低。因此，目前急需筛选与鸡蛋黄颜色和浓蛋白高度关联的SNP分子标记，将其应用于家禽的分子育种中。

发明内容

本发明的目的在于针对现有技术的不足，提供一种南丹瑶鸡鸡蛋浓蛋白高度和蛋黄颜色关联的SNP分子标记的筛选方法。

本发明的另一个目的在于提供上述筛选方法筛选得到的SNP分子标记。

本发明的另一个目的在于提供上述SNP标记的用途。

本发明所述的南丹瑶鸡鸡蛋浓蛋白高度和蛋黄颜色关联的SNP分子标记的筛选方法，包括以下步骤：

(1)从已知文献中找出与蛋品质相关的基因，取南丹瑶鸡，采血提基因组DNA，混池后送公司测序，检测在这些基因上存在突变的SNP位点；

(2)取南丹瑶鸡母鸡作为试验鸡，从24周龄开始测定鸡蛋的浓蛋白高度和蛋黄颜色性状指标，每4周测1次，每次连续测3天，直到60周龄试验结束；

(3)采集60周龄的试验鸡的血液并提取基因组DNA，对步骤(1)检测到的SNP位点进行高通量测序，收集试验鸡在所述SNP位点及其周围突变SNP位点的基因型信息；

(4)采用SAS软件将步骤(2)中检测得到的浓蛋白高度、蛋黄颜色数据与步骤(3)检测得到的SNP位点进行关联分析，筛选出与浓蛋白高度、蛋黄颜色极显著(Pr>F<0.01)关联的SNP分子标记。

其中，步骤(1)所述的与蛋品质相关的基因为ALAS1、CPOX-P6、TF、TSPO、SLC25A5和SLLCO1A2基因。

本发明的方法可以迅速从大量数据中找到与南丹瑶鸡鸡蛋浓蛋白高度和蛋黄颜色关联的SNP分子标记，按照本发明的方法筛选得到的分子标记包括8个SNP位点，为chr1_68526357、chr12_3349578、chr4_16562030、chr1_68526344、chr4_16562070、chr1_85290991、chr1_65234293和chr1_65258207；其中，chr1_68526357、chr12_3349578、chr4_16562030、chr1_68526344与浓蛋白高度关联，chr1_85290991、chr1_65234293和chr1_65258207与蛋黄颜色关联，chr4_16562070同时与浓蛋白高度和蛋黄颜色关联。

所述chr1_68526357位点位于SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列的第101位，该位置处有GG、GA、AA三种基因型，其中AA型个体的鸡蛋浓蛋白高度最高；

所述chr12_3349578位点位于SEQ ID NO:2所示的核苷酸序列的第101位，该位置处有CC、CT、TT三种基因型，其中CT型个体的鸡蛋浓蛋白高度最高；

所述chr4_16562030位点位于SEQ ID NO:3所示的核苷酸序列的第101位，该位置处有CC、CT两种基因型，其中CC型个体的鸡蛋浓蛋白高度最高；

所述chr1_68526344位点位于SEQ ID NO:4所示的核苷酸序列的第101位，该位置处有CC、CA两种基因型，其中CC型个体的鸡蛋浓蛋白高度最高；

所述chr1_85290991位点位于SEQ ID NO:5所示的核苷酸序列的第101位，该位置处有AA、AT两种基因型，其中AT型个体的鸡蛋蛋黄颜色最深；

所述chr1_65234293位点位于SEQ ID NO:6所示的核苷酸序列的第101位，该位置处有CC、CG两种基因型，其中CG型个体的鸡蛋蛋黄颜色最深；

所述chr1_65258207位点位于SEQ ID NO:7所示的核苷酸序列的第101位，该位置处有AA、AT两种基因型，其中AT型个体的鸡蛋蛋黄颜色最深；

所述chr4_16562070位点位于SEQ ID NO:8所示的核苷酸序列的第101位，该位置处有GG、GA两种基因型，其中GG型个体的鸡蛋浓蛋白高度最高、蛋黄颜色最深。

所述的南丹瑶鸡鸡蛋浓蛋白高度和蛋黄颜色关联的8个SNP分子标记，可用于南丹瑶鸡的育种。

所述的8个SNP位点在制备试剂盒或检测方法中的应用；所述试剂盒或检测方法的用途为用于南丹瑶鸡的育种。

通过以上技术方案，本发明的有益效果如下：

本发明提供的南丹瑶鸡鸡蛋浓蛋白高度和蛋黄颜色关联的SNP分子标记的筛选方法，简化了全基因组关联分析，直接对性状相关基因进行SNP标记的筛选，比全基因组测序的费用较少，适用于高遗传力的数量性状的选育。

筛选得到的SNP分子标记可用于分子辅助育种，在早期可以直接在基因组水平上选育个体，不依赖表型信息，对于低遗传力,难以度量的性状可显著提高选择效率，加快育种进程，节省中间饲养费用，提高了育种效率，降低了育种成本，具有广泛的应用前景。

具体实施方式

以下实施例用于说明本发明，但不用来限制本发明的范围。在不背离本发明精神和本质的情况下，对本发明方法、步骤或条件所作的修改或替换，均属于本发明的范围。

下述实施例中使用的动物、仪器、试剂、试剂盒均可由市售得到；

实施例1南丹瑶鸡鸡蛋浓蛋白高度和蛋黄颜色关联的SNP分子标记的筛选与应用

1、查阅文献，查询蛋品质相关基因，所述相关基因为ALAS1、CPOX-P6、TF、TSPO、SLC25A5和SLLCO1A2基因，选取100只南丹瑶鸡，采血提基因组DNA，混池后+送公司测序，检测在上述基因中存在突变的SNP位点；

2、选择广西贵港市港丰农牧有限公司提供的256只南丹瑶鸡母鸡作为试验鸡，按该公司的饲养标准进行单笼饲养；

从24周龄开始测定鸡蛋的浓蛋白高度和蛋黄颜色性状指标，均参照《家禽生产性能名词术语和度量统计方法》(NY/T 823—2004)标准进行测量和计算；每4周测1次，每次连续测3d，直到60周龄试验结束，24-60周包括产蛋前期、产蛋中期、产蛋后期，因此能得到整个产蛋周期的观测结果；

使用到的蛋白高度测定仪(型号为MA2-MA1)，由南京铭奥仪器设备有限公司制造；罗氏比色扇(型号为01)，由南京铭奥仪器设备有限公司制造；

3、采集60周龄试验鸡的翅静脉窦血，加入ACD抗凝剂，置于-20℃保存，血液基因组DNA采用常规酚/仿法提取，经分光光度计检测和琼脂糖凝胶电泳检测合格后送生工生物工程(上海)股份有限公司进行高通量测序，收集试验鸡在步骤1检测到的SNP位点及其周围突变SNP位点的基因型信息；

4、用Excel 2019软件对蛋品质性状指标表型数据进行筛选，采用SAS 9.4软件MEANS过程对蛋品质性状进行描述性统计、SNK进行不均衡多重比较分析，再采用SAS软件将步骤2中检测得到的浓蛋白高度、蛋黄颜色数据与步骤3检测得到的SNP位点进行关联分析，筛选出8个与浓蛋白高度、蛋黄颜色极显著(Pr>F<0.01)关联的SNP位点(表1和表2)，这8个SNP位点是调控浓蛋白高度和蛋黄颜色性状的主效SNP位点，用作SNP分子标记。

表1南丹瑶鸡浓蛋白高度显著关联SNP位点

注：每个SNP位点基因型按照参考型、杂合型、突变型依次排列。表型值以“最小二乘均值±标准误”表示，不同字母表示差异显著(P<0.01)。“Pr>F”表示单因素方差显著值。

表2南丹瑶鸡蛋黄颜色显著关联SNP位点

上述8个SNP分子标记为chr1_68526357、chr12_3349578、chr4_16562030、chr1_68526344、chr4_16562070、chr1_85290991、chr1_65234293和chr1_65258207；其中，chr1_68526357、chr12_3349578、chr4_16562030、chr1_68526344与浓蛋白高度关联，chr1_85290991、chr1_65234293和chr1_65258207与蛋黄颜色关联，chr4_16562070同时与浓蛋白高度和蛋黄颜色关联。